Der Stofftransport von NH4 wird im vorliegenden Modell sehr vereinfacht durch eine bloße Mischrechnung berücksichtigt. Dazu sind für den Trockenwetterabfluss im Siedlungsgebiet und das Regenwasser jeweils die zeitlich konstanten Ammonium-Konzentrationen (bzw. die einwohnerbezogene Fracht) anzugeben. Gleichermaßen kann eine Vorbelastung des Vorfluters mit NH4 angegeben werden. Diese Vorbelastung bezieht sich aber nur auf den Basisabfluss. Der Regenabfluss aus dem natürlichen Einzugsgebiet wird als unbelastet angesehen. Die resultierende NH4-Konzentration im Vorfluter wird dann wie folgt berechnet:
Bezüglich des Ammoniums werden im Programm REBEKA mit Ausnahme der Verdünnung keine weiteren Reaktionen berücksichtigt.