Unter dem Menupunkt Rechnen können Simulationen durchgeführt werden:
•deterministisch: Es wird nur eine Simulation mit Mittelwerten durchgeführt (dies entspricht der Simulation mit dem alten REBEKA I). Die Resultate werden in einem Ereignisfenster angezeigt. Es ist empfehlenswert zuerst eine deterministische Berechnung durchzuführen und zu kontrollieren, ob die Resultate plausibel sind.
•stochastisch: Es wird eine Monte-Carlo-Simulation durchgeführt. Die Anzahl durchgeführter Iterationen wird zusammen mit der Gesamtzahl Iterationen in der Statuszeile angezeigt (z.B. 123 von 200). Während der Simulation kann das Programm minimiert werden (mit diesem Knopf 
rechts oben). Es läuft dann im Hintergrund. Der Status der Simulation wird in der Aufgabenleiste auf dem Programmknopf angezeigt (z.B. 123 von 200). Während der Berechnung kann mit einer anderen Anwendung weitergearbeitet werden. Nach Beendigung der Simulation werden die Ergebnisse in graphischer Form im Ordner Kritische Ereignisse, GUS Frachten und GUS Immissionen angezeigt.